Em 1989 ocorreu uma mortandade de peixes no Rio Camaquã devido a contaminação pelo mercúrio utilizado na mineração de ouro em Lavras do Sul e cobre em Caçapava do Sul. Nesta ocasião, as comunidades se organizaram e através de passeatas e diversos protestos na cidade de Encruzilhada do Sul, levaram as autoridades a tomarem uma atitude.
No dia 06 de dezembro de 1989 foi realizado um encontro para defesa do Rio Camaquã na Câmara de Vereadores de Encruzilhado do Sul, com a presença de representantes dos municípios, Prefeitos, Vereadores, Deputados e população geral, quando ficou criada uma Comissão Executiva formada por Amaral Ferrador, Caçapava do Sul e Encruzilhada do Sul. Esta comissão conduziu as atividades até a institucionalização do CIDERCA - Consórcio Intermunicipal de Defesa do Rio Camaquã, em 12 de setembro de 1991.
Em 1997 o CIDERCA foi designado pelo Conselho de Recursos Hídricos para coordenar os preparativos da instalação do Comitê de Gerenciamento da Bacia Hidrográfica do Rio Camaquã, como parlamento de decisão dos usos das águas. Desde então, começou-se um trabalho de conscientização e informação a população, visitando município por município, entidade por entidade, onde se conseguiu através de muitas reuniões, debates, entrevistas radiofônicas e reportagens em jornais, esclarecer um pouco da lei dos usos das águas (Lei Estadual n.º 10.350/1994).
Realizada esta etapa, marcou-se a Audiência Pública para a composição do futuro Comitê, que se realizou no município de Caçapava do Sul, no dia 9 de junho de 1998, na sede Associação Comercial e Industrial, com grande participação dos representantes de entidades da bacia do Rio Camaquã e autoridades estaduais e municipais.
Seguindo-se os trabalhos, foi publicado em 15 de abril de 1999, através do Conselho de Recursos Hídricos, o aviso SOPSH – DRHS – CRH/RS n.º 001/99, referente o Cadastramento de Entidades para a constituição do Comitê Camaquã, sendo que as inscrições realizaram-se na sede do CIDERCA (Amaral Ferrador) e no Conselho de Recursos Hídricos, obtendo-se inscrições da maioria das entidades da bacia do Rio Camaquã. Em 28 de julho de 1999, o Governador do Estado do Rio Grande do Sul, decretou a criação do Comitê Camaquã (Decreto n.º 39.638), acontecendo a primeira eleição das entidades no dia 26 de novembro de 1999, no município de Cristal.
No dia 13 de abril de 2000, na sede do Sindicato Rural de Camaquã, reuniram-se para a instalação do Comitê Camaquã, todas as entidades eleitas representantes e órgãos estaduais para posse das entidades e eleição da Diretoria do Comitê. Com a presença do Secretário das Obras Públicas e Saneamento, Dr. Pedro Ruas, ficou eleita a Diretoria formada pelos senhores: Dr. Gilberto Gonçalves - Presidente (representante do CIDERCA) e Eng. Agr. Renato Taiffke Zenker – Vice-Presidente (representante da APROMAC- Associação de Proteção ao Meio Ambiente de Camaquã).
Neste período, importantes entidades da região colaboraram e o Comitê Camaquã iniciou suas atividades. A FUNDASUL – Fundação de Ensino Superior da Região Centro-Sul, celebrou o primeiro convênio com a Secretaria de Obras Públicas e Saneamento, para a manutenção administrativa do Comitê, e a AUD – Associação dos Usuários do Perímetro de Irrigação do Arroio Duro, emprestou o espaço físico para a instalação da Secretaria Executiva, dando todo o apoio necessário para o funcionamento, inclusive é a atual mantenedora e ordenadora de despesas do Comitê Camaquã.